Erst die Kunst des Intonateurs verwandelt die Töne einzelner Pfeifen in den gewünschten harmonischen Gesamtklang eines Registers – und des ganzen Werkes.

Auf einer speziellen Intonier-Lade in einem abgetrennten, ruhigen und staubfreien Raum wird jede Pfeife eines Registers auf Einschwing-Charakteristik, Grundklang, Lautstärke und Klangreinheit geprüft. Mit teils winzigen Veränderungen an Pfeifenkörper, Kernspalt und Aufschnitt (der Öffnung oberhalb des Kernspaltes) variiert der Intonateur den Klang der Pfeife, bis er seinen Vorstellungen entspricht. Der Gesamtklang der so vorintonierten Pfeifen wird nach dem Aufstellen des Werkes am Bestimmungsort noch einmal in der Raumakustik optimiert – ein Stunden währender, konzentrationsfordernder Arbeitsgang.